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美菲战争，也称为菲律宾独立或菲律宾起义（1899-1902）战争，由最初反抗西班牙殖民統治並成立菲律賓第一共和國，轉變成對抗美國兼併菲律賓的新殖民戰爭。这场战争发生在菲律宾革命和美國西班牙開戰之後，是菲律宾独立斗争的一系列冲突之一。 1898年8月14日，美軍佔領馬尼拉成立軍事政府，美國總統授權軍事總督掌握行政、立法、司法大權。1899年2月4日，美国和菲律宾共和軍之间爆发战斗，并迅速升级到1899年的马尼拉战役。1899年6月2日，菲律宾第一共和国正式对美宣战。这场战争在1902年7月4日正式结束。 然而，卡蒂普南組織的成员继续與美军戰鬥。馬卡里奧·薩凱将军也在其中，他是一位资深的卡蒂普南成员并曾经担任塔加拉共和国的总统。塔加拉共和国是在总统阿奎納多被捕后，于1902年宣告成立的。其他的团体，包括摩洛族人和普拉漢信徒，始终保持敌对状态直到他们在1913年6月15日於巴格薩克山戰役中失败。 这场战争和美国的占領改变了菲律賓的文化景观，作为国教的菲律賓天主教脱离了政府體制（国家政教分离），同时引进英语作为政府和一些企业的主要语言。1901年3月2日通過《斯彭納修正案》(Spooner Amendment)，結束軍事政府統治，殖民地的權力由總統轉移至國會授權，同年7月4日總統任命民事總督，開始民事統治。1916年，美国给予菲律宾自主权并承诺最终成立自治政府，该承诺最终于1934年兑现。1946年，在第二次世界大战之后，美国承认菲律宾独立并通过了《马尼拉条约》。
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